“ถ้าเกิดว่าฉันเป็นคนไม่ดี รุ่นพี่จะให้อภัยฉันหรือเปล่าคะ?” เด็กหนุ่มมักต้องการปกป้องหญิงสาว นั่นคือสิ่งที่เขาคิดมาโดยตลอด 10 ปี หลังจากสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ การต่อสู้ของเหล่าจอมเวทย์ (Master) และจิตวิญญาณแห่งวีรชน (Servant) เพื่อสื่อแห่งความปรารถนา,จอกศักดิ์สิทธิ์ สงครามได้เกิดอีกครั้งในเมืองฟุยูกิ Emiya Shirou, บุตรบุญธรรมของ Emiya Kiritsugu ผู้เข้าร่วมสงคราม จอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งที่ผ่านมา ตัดสินใจเข้าร่วมการต่อสู้เพื่อสานต่อเจตนารมของ Kiritsugu อีกครั้งหนึ่ง… ตลอดเวลาของ Shirou มักจะมีเด็กสาวที่รักเขาอยู่ข้างกายเสมอ Matou Sakura เธอจะมาที่บ้านของเขาทุกเช้า เพื่อทำอาหารเช้า และ เย็น ให้กับเขาพร้อมกับความสงบสุขและอ่อนโยนแก่เด็กชายผู้อยู่เพียงลำพังบนโลกกแต่ครั้งเมื่อสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์เริ่มต้นขึ้น ทุกสิ่งทุกอย่างได้เปลี่ยนไปในเมืองฟุยูกิ,โศกนาฏกรรมมากมายได้เกิดขึ้นรอบเมือง และ บรรญากาศอันน่าหดหู่ได้ก่อตัวขึ้น Shirou ตัดสินใจพา Sakura มาดูแลที่บ้านของเขาพร้อมกับ Saber,Servant ที่เขาได้อัญเชิญเข้ามา เขา และ Tohsaka Rin จอมเวทย์ที่เป็นพันธมิตรกันได้เข้าร่วมการต่อสู้ ของสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ เพียงแค่การต่อสู้นั้นเริ่มเปลี่ยนแปลงไปจากการเคลื่อนไหวลึกลับของคนกลุ่มหนึ่งที่ซ่อนเร้นอยู่