Quantico Season 2 เป็นเรื่องราวของเจ้าหน้าที่เอฟบีไอฝึกหัดกลุ่มหนึ่งที่แต่ละคนมีเป้าหมายในการร่วมทีมเอฟบีไอที่แตกต่างกันไป นำโดยอเล็กซ์ พาร์ริช หญิงสาวที่ต้องการรู้อดีตของเธอ ซึ่งเธอเชื่อว่าเอฟบีไอคือสถานที่ที่จะช่วยให้เธอหาคำตอบนั้นได้ โดยจนท. ฝึกหัดกลุ่มนี้ได้รับการดูแลและฝึกสอนโดยเลียม ผู้ซึ่งมีอดีตซับซ้อนเช่นกัน และมิแรนด้า ชอว์ ผอ. ศูนย์ฝึกฯ ซึ่งครอบครัวของเธอต้องทนทุกข์จากโศกนาฏกรรมที่เลวร้ายเมื่อไม่นานนี้ เรื่องราวของซีรี่ส์นี้จะเป็นการสลับไปมาระหว่างเหตุการณ์ปัจจุบันและอดีตทที่ซ่อนไว้ของ จนท. ฝึกหัดกลุ่มนี้ รวมถึงแสดงให้เห็นเหตุการณ์ที่จะเกิดขึ้นในอนาคตอันใกล้ ซึ่งจะเปิดเผยให้เห็นว่า 1 ใน จนท. ฝึกหัดกลุ่มนี้ เป็นตัวการก่อเหตุก่อการร้ายครั้งใหญ่สุดของอเมริกานับตั้งแต่เหตุการณ์ 11 ก.ย.