ในซีซั่นที่ 6 นี้ พวกเขายังคงทำงานกันอย่างหนักเพื่อคลี่คลายคดีฆาตกรรมต่างๆ ที่เกิดขึ้นภายในเกาะ แมคแกรเร็ตและลูกทีมของเขาต้องรับมือคดีต่างๆ มากมาย ไม่ว่าจะเป็นคดีฆาตกรรมที่โยงใยไปถึงสมบัติเก่าของโจรสลัดที่หายสาบสูญ ฆาตกรเลียนแบบนักวางเพลิงที่พยายามเรียกร้องให้ปล่อยตัวนักโทษ ในขณะเดียวกันแมคแกรเร็ตก็ตัดสินใจที่จะสานสสัมพันธ์ระหว่างเขากับแคทเธอรีน ด้านของแดนนี่ หลานชายของเขา อีริคก็มาพักอาศัยอยู่กับเขาและเข้ามาร่วมทีม ส่วนโคโนะและอดัมยังคงตามไล่ล่าแก๊งค์ยากูซ่า