ในวันหนึ่ง ทั่วทั้งโลกก็มีการ์ดแปลกประหลาดลอยลงมาจากท้องฟ้า แล้วจู่ๆ ก็มีมอนสเตอร์ปรากฏ ตัวออกมาจากการ์ด และทำการต่อสู้กัน ซึ่งพวกเด็กๆ ให้ความสนใจกันเป็นอย่างมาก พวกเขาเรียกมอนสเตอร์เหล่านั้น ซึ่งในเวลาปกติจะอยู่ในสภาพของลูกกลมๆ ว่า "บาคุกัน" นอกจากนี้ยังได้รวมกลุ่มกันพูดคุยทางอินเทอร์เน็ต และตั้งกติกาการเล่นบาคุกันขึ้นมา โดยผู้นำของเด็กๆ ทั้งหมดก็คือ กลุ่มเด็ก 6 คน ที่เรียกตัวเองว่า "แบทเทิลบรอลเลอร์"

      เรื่องราว เกิดขึ้นเมื่อ นากา บาคุกันผู้มีจิตใจชั่วร้าย ต้องการที่จะครอบครองอินฟินิตี้คอร์ และไซเลนท์คอร์ ซึ่งเป็นแก่นค้ำจุนโลกเวสโทรเอียของเหล่าบาคุกันไว้ ส่งผลให้เกิดเหตุไม่คาดฝัน เมื่อไซเลนท์คอร์ ได้ดูดกลืนนากาเข้าไป โลกเวสโทรเอียจึงเริ่มเกิดการล่มสลาย และหายนะนั้นก็กำลังจะลุกลามมาถึงโลกมนุษย์ด้วย เหล่าแบทเทิลบรอลเลอร์จึงต้องพยายามต่อสู้เพื่อช่วยเหลือโลกมนุษย์ และหยุดยั้งการล่มสลายของเวสโทรเอียให้ได้

       หลังจาก ที่กลุ่มบรอลเลอร์ได้ผ่านการต่อสู้มามากมาย ในที่สุด ดันกับดราโก้ก็ต้องสู้กับนากาซึ่งกลายเป็น ไซเลนท์นากา และมีระดับพลังสูงมาก แต่ทว่าดราโก้และคนอื่นๆกลับไม่สามารถทำอะไรนากาได้เลย ไวเวิร์นจึงได้ขอร้องให้ดราโก้ฆ่าตนเพื่อรับอินฟินิตี้คอร์ไป เมื่อดราโก้ทำตามก็ได้วิวัฒนาการเป็น "อินฟินิตี้ดราโกนอยด์"ซึ่งต่อสู้กับนากาได้อย่างสูสีแต่ฮัลเกกลับใช้วิธี ขี้โกง ส่งบาคุกันลงไปช่วยนากาแต่กลุ่มบรอลเลอร์ก็ช่วยดันได้ และสุดท้ายดันก็ได้ใช้สุดยอดอาบิลิตี้ เอ็กซ์ตรีม (6 ธาตุประสาน) เอาชนะนากาได้สำเร็จแต่เวสโทรเอียที่จะล่มสลายกำลังจะเข้ารวมกับโลกมนุษย์ แล้วล่มสลายทั้งคู่ ดราโกนอยด์ซึ่งตอนนี้เป็นแกนกลางของเวสโทรเอีย จึงต้องแยกกับดันกลับสู่เวสโทรเอียเพื่อรักษาสมดุลของโลก และแล้ว บาคุกันทั้งหลายก็จากเด็กๆไป